| 2006 / 9 / 3 | |
| Fuji International Speedway(4,563m) | Weather : 晴れ Ground : ドライ |
| Pos | No | Name | Team | Best Time | Lap | Gap | Ave. km/h | ||
| 1 | 21 | 岡田州生/堀江光毅 | グリーンイーグル | 1'53.492 | 8 | 144.740 | |||
| 2 | 29 | 伊藤厚生/鎭目泰人/尾澤優和 | チームトータス&AIR | 1'55.295 | 8 | 1.803 | 1.803 | 142.476 | |
| 3 | 19 | 辻林俊之/飯生利之/船木弘之 | チーム39もうすぐOFB | 1'56.089 | 8 | 2.597 | 0.794 | 141.502 | |
| 4 | 7 | 高良和幸/名越公一/窪田裕二 | Team3/4With TFD | 1'56.656 | 8 | 3.164 | 0.567 | 140.814 | |
| 5 | 17 | 芳野光孝/堀弘幸 | モトストレッタレーシング | 1'58.606 | 7 | 5.114 | 1.950 | 138.499 | |
| 6 | 11 | 飯塚竹士/柏木出児 | モトコルセのゆかいななかまたち・チーム | 2'00.509 | 7 | 7.017 | 1.903 | 136.312 | |
| 7 | 12 | 杉山哲郎/小熊 茂/木下良徳 | モトコルセのゆかいななかまたち・チームS | 2'01.024 | 6 | 7.532 | 0.515 | 135.732 | |
| 8 | 8 | 遠藤威/山本和芳/木下承宰 | トライアングルeyes@Team3/4 | 2'01.974 | 7 | 8.482 | 0.950 | 134.675 | |
| 9 | 9 | 板橋広巳/野中秀樹/臼井寿朗 | Team The Weirdoos | 2'02.703 | 7 | 9.211 | 0.729 | 133.874 | |
| 10 | 23 | 石川信幸/松平光徳 | ファクトリーイワサワ Aチーム | 2'02.758 | 6 | 9.266 | 0.055 | 133.814 | |
| 11 | 20 | 菊池聡/松井忠則/満間久典 | ドライダーズ | 2'02.855 | 5 | 9.363 | 0.097 | 133.709 | |
| 12 | 22 | 小嶋登/小嶋雄司 | スタンホープ | 2'02.886 | 7 | 9.394 | 0.031 | 133.675 | |
| 13 | 24 | 嘉野川浩/田中裕司 | ファクトリーイワサワ +Bチーム | 2'03.122 | 7 | 9.630 | 0.236 | 133.419 | |
| 14 | 15 | 藤田豊文/佐藤和幸/古瀬文雄 | バイクパーキング アイドゥ | 2'03.834 | 7 | 10.342 | 0.712 | 132.652 | |
| 15 | 25 | 四方広之/大野健一 | ファクトリーイワサワ&2台で4バルブ | 2'04.573 | 7 | 11.081 | 0.739 | 131.865 | |
| 16 | 1 | 小川聡/樋口健二 | PHANTOM 1号 | 2'05.017 | 7 | 11.525 | 0.444 | 131.397 | |
| 17 | 14 | 渡井裕一/稲葉新一 | モトコルセのゆかいななかまたち・チームF | 2'10.952 | 7 | 17.460 | 5.935 | 125.441 | |
| 18 | 13 | 桐谷克典/小松秀之/波田桂治 | モトコルセのゆかいななかまたち・チームK | 2'12.255 | 7 | 18.763 | 1.303 | 124.206 | |
| 19 | 5 | 鵜澤守雄/喜多田学/大島昭三 | チームストラトス 1号車 | 2'13.349 | 7 | 19.857 | 1.094 | 123.187 | |
| 20 | 10 | 福岡幹夫/山本隆雄 | チェリーボーイズ@Team3/4 | 2'13.379 | 7 | 19.887 | 0.030 | 123.159 | |
| 21 | 2 | 松崎和美/田村嘉麿 | PHANTOM 2号 | 2'17.270 | 6 | 23.778 | 3.891 | 119.668 | |
| 22 | 6 | 高堀道男/秋山峰久 | チームストラトス 2号車 | 2'17.634 | 6 | 24.142 | 0.364 | 119.351 | |
| 23 | 18 | 関田泉/関田敦/江原和男 | スーパーアルマジロ R・T | 2'19.510 | 6 | 26.018 | 1.876 | 117.746 | |
| 24 | 26 | 千葉英昭/鵜木英幸 | ファクトリーイワサワ 南国&東北 | 2'21.719 | 6 | 28.227 | 2.209 | 115.911 | |
| 25 | 28 | 永田賢作/橋本忠士/五月女孝 | さん・めかまさん・gashさん | 2'22.418 | 5 | 28.926 | 0.699 | 115.342 | |
| 26 | 27 | 和泉しげる/四方滋 | ファクトリーイワサワ W・SHIGERU | 2'26.958 | 6 | 33.466 | 4.540 | 111.779 | |
| 27 | 30 | 小倉隆/刀根弘和/増田勇 | とね塗装店 | 2'27.699 | 6 | 34.207 | 0.741 | 111.218 | |
| 28 | 16 | 北原僚馬/金田隆之 | Team GYRO | 2'32.800 | 6 | 39.308 | 5.101 | 107.505 |
| Start Time : 9:45'26 | Finish Time : 10:25'07.739 | Entry:28 Start:28 Finish:28 |
※ 抗議なき場合は、30分後に正式結果とする。